העיקרון של שימור אריזות ואקום הוא שהתפקיד העיקרי של אריזת ואקום על ידי מכונת אריזה בוואקום הוא להסיר חמצן כדי לסייע במניעת הידרדרות המזון. גם העיקרון פשוט יחסית. מכיוון שטחב מזון והידרדרות נגרמים בעיקר מפעילותם של מיקרואורגניזמים, רוב המיקרואורגניזמים (כגון עובש ושמרים) זקוקים לחמצן כדי לשרוד, ואריזות ואקום משתמשות בעיקרון זה כדי להפיק חמצן משקיות האריזה ותאי המזון, כך שהמיקרואורגניזמים מאבדים "סביבת ההישרדות" שלהם.
ניסויים מראים שכאשר ריכוז החמצן בשקית האריזה קטן או שווה ל-1%, מהירות הגדילה והרבייה של מיקרואורגניזמים תרד בחדות. אם ריכוז החמצן קטן או שווה ל-0.5%, רוב המיקרואורגניזמים יעוכבו ויפסיקו להתרבות. (הערה: אריזת ואקום אינה יכולה לעכב את הרבייה של מיקרואורגניזמים ואת הידרדרות ושינוי צבע המזון הנגרמים על ידי תגובות אנזימים, ולכן יש לשלב אותה עם שיטות עזר אחרות, כגון קירור, הקפאה מהירה, התייבשות, טיפול בטמפרטורה גבוהה, טיפול בקרינה, טיפול במיקרוגל, המלחה המתן.
בנוסף לעיכוב הצמיחה והרבייה של מיקרואורגניזמים, לניקוי חמצן בוואקום תפקיד חשוב נוסף למניעת חמצון מזון. מכיוון ששמנים ושמנים מכילים כמות גדולה של חומצות שומן בלתי רוויות, הם מתחמצנים בפעולת החמצן, מה שגורם למזון לטעום ולהידרדר. בנוסף, חמצון גורם גם לאיבוד של ויטמין A וויטמין C, והחומרים הלא יציבים בפיגמנטים של המזון מושפעים מחמצן כדי להכהות את הצבע. לכן, ניקוי חמצן יכול למנוע מהמזון להתקלקל ולשמור על צבעו, הארומה, הטעם והערך התזונתי שלו.
